Bendras amerikiečių, britų ir kanadiečių projektas – Manhatano projektas prasidėjo 1942 m. kaip nedidelė tyrinėjimų programa. Šio projekto dalyviai sukūrė atominę bombą.

Slapta JAV vyriausybinė patariamoji grupė parengė rekomendacijas, kaip tinkamai naudoti atominius ginklus. Jose nebuvo keliamas klausimas, ar numesti bombą virš Japonijos, tiesiog buvo nurodyta, kur numesti, t. y. geriausia – virš didelės miesto teritorijos, kurioje būtų tankiai sustatyti mediniai namai, gausiai gyvenami japonų. Taikinį rinkęs projekto komitetas rekomendavo susprogdinti bombą aukštai, kad sprogimas padarytų kuo didesnę žalą.

Galimais taikiniais pasiūlyti penki miestai: Kijotas, Hirošima, Jokohama, Kokura ir Niigata. Ginkluotosioms pajėgoms nurodyta išbraukti šiuos miestus iš padegamosiomis bombomis atakuojamų miestų sąrašo, nes projekto vadovas generolas Leslie Grovesas iš JAV kariuomenės inžinerijos korpuso su mokslininkų komanda norėjo, kad niekas netrukdytų po sprogimo įvertinti padarinių. Taip pat norėta užfiksuoti žalą, o tam neturėtų trukdytų debesys po eilinių bombardavimų.

JAV karo reikalų sekretorius Henry Stimsonas nerimavo, kad nusitaikius į miesto vietovę nebūtų sugadintas Amerikos, kaip sąžiningos valstybės, įvaizdis. Panašios nuomonės laikėsi ir generolas George’as Marshallas. Jo įsitikinimu, pirmiausia reikia sprogdinti bombą virš karinių objektų, tik paskui, įspėjus aplinkinius gyventojus, – virš didelių pramoninių teritorijų. Į jų abiejų nuomonę neatsižvelgė.

Hirošimos gyventojai pastebėjo, kad virš jų miesto nebekrenta padegamosios bombos, kaip virš kitų miestų. Pasklido gandai, kad Hirošimoje kali JAV prezidento Hary Trumano motina, todėl amerikiečių kariuomenei nurodyta nebombarduoti miesto.

Pirmuoju taikiniu L. Grovesas pasirinko Kijotą. Šis miestas buvo mažai bombarduotas, be to, psichologiškai svarbus Japonijai. Miestą supantys kalnai lokalizuotų sprogimo bangą ir taip sustiprėtų bombos naikinamoji galia.

H. Stimsonas buvo lankęsis Kijote trečią dešimtmetį ir žinojo, kad miestas yra Japonijos intelektualinė ir kultūros sostinė, tad nusprendė, jog būtų tiesiog barbariška jį sunaikinti. Jis siekė išbraukti Kijotą iš sąrašo ir galiausiai palenkė prezidentą H. Trumaną į savo pusę.

1945 m. liepos 25 d. generolas Thomasas Handy įsakė JAV karinių oro pajėgų generolui Carlui Spaatzui atgabenti pirmąją specialiąją bombą kuo greičiau po rugpjūčio 3-iosios, kai tik oro sąlygos leis gerai matyti taikinį. Taikinys turėjo būti išrinktas iš keturių miestų: Hirošimos, Kokuros, Niigatos ir paskutinę dieną į sąrašą įtraukto Nagasakio.

Pakomitetis nusprendė nesitaikyti konkrečiai į karines ir pramonines zonas, kadangi jos išsibarsčiusios ir daugiausiai – miestų pakraščiuose. Tik Kokuros centre veikė didelė ginklų gamykla. Karinės oro pajėgų komandos turėjo pasirinkti taikinius, kad būtų maksimaliai padidinti padariniai miestui. Didžiausia žala būtų padaryta nusitaikius į miesto centrą, nes jis tankiausiai apgyvendintas.

Nebuvo aišku, kaip masinės civilių Japonijos gyventojų žudynės paskatintų Japoniją kapituliuoti. Juk Japonijos miestus su taikiais gyventojais bombardavo nuo kovo mėnesio, o Japonija taip ir nepasidavė.

H. Stimsonui teko pačiam save įtikinti, kad pradinis projekto tikslas nebuvo bombarduoti civilių gyventojų, nors faktai akivaizdžiai byloja priešingai.