Vis dėlto Rusijos opozicija nelinkusi žmogžudystės užsakovu laikyti Rusijos prezidentą Vladimirą Putiną. Prezidentą Rusijos opozicija kaltina sukūrus „patriotinės isterijos“ ir „paranojos“ atmosferą, kuri įkvėpė tokius nusikaltėlius.
„Aš kalbėjau su savo pažįstamais, kurie dirba specialiosiose tarnybose ir man lieka vis mažiau ir mažiau abejonių, kad Boriso Nemcovo nužudymas buvo remiamas valdžios institucijų“ , – savo asmeniniame tinklaraštyje teigė opoziciją palaikantis buvęs energetikos viceministras.
Demokratų aktyvistas Dimitrijus Gudkovas, kuris yra vienas iš nedaugelio opozicijos balsų Rusijos parlamente, „Vicenews“ sakė, kad nužudymą greičiausiai suorganizavo „kas nors, kas yra „nuzombintas“ mūsų televizijos, kurioje sakoma, kad B. Nemcovas yra tautos priešas, kuris griauna mūsų šalį JAV užsakymu.“
Tuo metu kai Maskva aneksavo Krymo pusiasalį ir pradėjo remti prorusiškus separatistus Rytų Ukrainoje, Rusijos nacionaliniai naujienų kanalai, kurie yra kontroliuojami Kremliaus, kaip ir kiti Kremliaus politiką palaikantys leidiniai teigė, kad valdžios kritikai yra „penktosios kolonos“ atstovai, kurie kelia grėsmę nacionaliniam saugumui.
„Kiekvienas žmogus turi suprasti, kad Kremlius ir jo propaganda peržengė liniją, ploną liniją, kuri pareikalaus daug aukų. Ši neapykantos mašina atsisuks prieš patį režimą“ ,– sakė D. Gudkovas.
Viena žymiausių opozicijos žurnalisčių Ksenija Sobčiak teigė, kad „V. Putinas sukūrė pragarišką terminatorių ir prarado jo kontrolę“. Ji perspėjo, kad šūviai, kurie paleisti į Nemcovą, buvo tik „pirmosios šešios kulkos...nes visuomenėje, kuri vedama masinės propagandos, neapykanta taps pagrindine priemone ir problemų sprendimo įrankiu“.
Nepaisant savo legendinio cinizmo, daugelis rusų buvo šokiruoti, kad opozicijos lyderio nužudymas, įvyko vienoje labiausiai stebimų Maskvos vietų, kai jis su savo drauge ukrainiečių modeliu Ana Duritskaja penktadienio vakare išėjo pasivaikščioti. Nužudymas nušaunant, atrodo, jau turėjo baigti savo erą po kritikės, Rusijos žurnalistės Anos Politkovskajos nužudymo 2006 metais, kai ji buvo nušauta prie įėjimo į savo namus.
Šimtai žmonių susirinko pagerbti žmogaus, kuris prieš tapdamas aršiu V. Putino kritiku, buvo B. Jelcino vyriausybės vicepremjeru. Pastaraisiais metais B. Nemcovas paskelbė keletą ataskaitų apie valstybės korupcijos mastus, įskaitant ir neefektyvaus valstybės lėšų panaudojimo atvejį, ruošiantis Sočio žiemos olimpinėms žaidynėms 2014 m.
Dimitrijus Gudkovas teigia, kad tai, jog miesto valdžia suteikė leidimą B. Nemcovo minėjimo iškilmėms, reiškia, kad „jo nužudymas išgąsdino politinį elitą labiau nei ką nors kitą“.
Vis dėlto paranojiškos B. Nemcovo nužudymo teorijos paplito Kremliaus kontroliuojamoje žiniasklaidoje. Nors V. Putinas išreiškė užuojautą dėl B. Nemcovo mirties jo 86 metų mamai išsiųsdamas jai telegramą, jo atstovas spaudai Dimitrijus Peskovas teigė, kad, prezidento nuomone, B. Nemcovo nužudymas yra „provokacija“, nukreipta prieš Kremlių.
Rusijos tyrimų komitetas teigia, kad tiria visas galimas versijas dėl opozicijos lyderio nužudymo, paskelbdamas ir pačią neįtikimiausią versiją, kad dėl B. Nemcovo nužudymo kalti islamistai. Remiantis komiteto spaudos atstovu Vladimiru Markinu, tyrėjai teigia turintys informacijos, kad B. Nemcovui buvo grasinama dėl išreikšto palaikymo nužudytiems „Charlie Hebdo“ redakcijos darbuotojams. Kremliaus ruporas „RT“ iškart pranešė apie šias teorijas.
V. Markinas sakė, kad nužudymas galėjo būti „provokacija, kuria siekta destabilizuoti politinę situaciją šalyje“, kur B. Nemcovas buvo „auka“ nuodėmingiems politiniams tikslams įgyvendinti. Jis taip pat išreiškė mintį, kad su B. Nemcovo nužudymu galėtų būti susijęs žmogus, kuris atsakingas ir už „Ukrainos viduje vykstančius konfliktus“.
Ekspertai, kurie pasisakė Rusijos kontroliuojamoje žiniasklaidoje, taip pat kaltina Ukrainos valdžią suorganizavus opozicijos lyderio nužudymą. Politikos ekspertas Pavelas Damilinas Rusijos „Tass“ naujienų agentūrai teigė, kad „visa tai, kas vyksta, pirmiausia yra naudinga Ukrainos žvalgybos agentūroms“.
Populiarus internetinis naujienų portalas „Lifenews“ žinomas dėl savo artimų ryšių su Kremliumi citavo anoniminį šaltinį, kuris teigia, kad B. Nemcovas turėjo „šeimyninį konfliktą“ su savo gyvenimo moterimi dėl aborto.
B. Nemcovo nužudymas turėtų paskatinti opoziciją veikti dar aktyviau arba kaip tik paskatins ją nugrimzti į pogrindį.
Respublikonų ir liaudies laisvės partijos pirmininkas, kuris šiuo postu dalinosi kartu su B. Nemcovu, Michailas Kasjanovas paragino demokratinę opoziciją ir pilietinę visuomenę „sujungti savo jėgas ir priešintis galimoms represijoms“. Jis teigė, kad B. Nemcovo žmogžudystė buvo politinis žingsnis, siekiantis įbauginti tuos, kurie kovoja „prieš tironiją ir neteisėtumą mūsų šalyje“.
„Visi žinojo, kad situacija buvo bloga ir nuolat blogėjo, tačiau niekas nežinojo, kad pasieksime bedugnę taip greitai“ , – sakė M. Kasjanovas.
Buvęs ekonomikos ministro pavaduotojas Ivanas Starikovas perspėjo, kad „laikas, kuomet protestai buvo vykdomi su šypsena, balionais ir kūrybiniais šūkiais baigėsi“. I. Starikovas taip pat prognozuoja tolimesnius neramumus dėl didėjančio nedarbo, infliacijos, kurias iššaukė Vakarų taikomis sankcijos ir naftos kainų kritimas. Buvęs ekonomikos ministro pavaduotojas tikisi, kad Kremlius bus priverstas surengti demokratinius rinkimus ir įvykdyti politines reformas.