Tačiau kitaip nei tradiciniai epidemiologai, šis viruso detektyvas, dirbantis iš savo laboratorijos Fredo Hačinsono vėžio tyrimų centre, neatlieka lauko tyrimų, kad susektų „Covid-19“ pacientų kontaktus. Kartu su grupele kolegų – nuo Siatlo Jungtinėse Valstijose iki Bazelio Šveicarijoje ir Vanakos Naujojoje Zelandijoje – jis iš pacientų mėginių analizuoja šimtus viruso genomų, bandydamas atsekti protrūkių židinius, nustatyti jų plitimą iš vieno žemės kampelio į kitą ir, svarbiausia, aptikti ankstyvuosius infekcijos telkinių požymius.
Komandos analitinis požiūris remiasi tuo, kaip plisdami nuo žmogaus prie žmogaus virusai ilgainiui mutuoja. Koronavirusas, kurio RNR sudaro maždaug 30 000 genų bazių arba raidžių, mutuoja maždaug du kartus per mėnesį. Šios nedidelės mutacijos iš esmės nekeičia viruso galingumo. Tačiau jos suteikia užuominų genų detektyvams, kurie braižo diagramas, vaizduojančias, kaip virusas pamažu, labai subtiliai kinta. Šitokiu būdu sudaromi išsišakoję „giminės“ medžiai, arba filogenijos, parodančios, kaip koronavirusas plinta iš vienos pasaulio dalies ar šalies į kitą.
T. Bedfordo išvados, kurias jis iškart apibendrina tviteryje, iki šiol buvo šiurpinančiai tikslios ir pavertė jį įžymybe tarp kitų mokslininkų ir visuomenės sveikatos ekspertų.
„Trevoras Bedfordas nuo pat pradžių teikia pačią kruopščiausią šios pandemijos analizę, – kovo 14 d. tviteryje rašė buvęs Maisto ir vaistų administracijos komisaras Scottas Gottliebas. – Jo prognozes apie kylančią epidemiją JAV reikėtų vertinti labai rimtai.“
Prieš tris savaites, kai JAV valdžia vis dar tikėjo, kad koronaviruso plitimas yra daugiau mažiau kontroliuojamas, T. Bedfordas buvo vienas iš pirmųjų tvirtinusių, kad virusas jau kelias savaites nepastebimai cirkuliuoja Siatlo teritorijoje. Viruso genomo analizė T. Bedfordui parodė, kad pats pirmasis sausio mėnesį Vašingtone užregistruotas 35-erių metų pacientas, neseniai lankęsis Uhane, Kinijoje, kažkokiu būdu užkrėtė kažką kitą, ir per tą laiką liga nepastebimai išplito po visą Siatlą.
„Tai turės milžiniškų padarinių, – rašė T. Bedfordas vasario 29 d. tviterio pranešime, kuris nuo to laiko buvo išplatintas tūkstančius kartų. – Manau, kad Vašingtono valstijoje mūsų laukia reikšmingas protrūkis, kuris iki šiol nebuvo aptiktas dėl pernelyg siauro atvejų apibrėžimo, reikalaujančio tiesioginių kelionių į Kiniją.“
Šis darbas su genomu akivaizdžiai skiriasi nuo tradicinės epidemiologijos, kurioje daugiausia dėmesio skiriama užkrėstų pacientų identifikavimui ir visų jų kontaktų atsekimui. „Užuot kalbėjęsi su žmonėmis apie tai, su kuo jie kontaktavo, mes naudojame patogenų genetiką, kad išsiaiškintume, kaip jie persiduoda ir plinta visame pasaulyje“, – teigia molekulių epidemiologė Emma Hodcroft iš Bazelio universiteto, glaudžiai bendradarbiaujanti su T. Bedfordu.
Genomo sekos nustatymas pamažu tampa vis galingesne ligų sekimo priemone. Per 2014 m. Ebolos protrūkį Vakarų Afrikoje genomo analizė padėjo atsekti iki tol nepastebėtą viruso atmainą, leidusią ligai keletą mėnesių tyliai plisti Siera Leonėje. Tačiau tam darbui prireikė kelių mėnesių. Neseniai genomo sekos nustatymas tapo standartine priemone, leidžiančia atsekti bakterijomis užkrėstos produkcijos šaltinį.
Tviteris taip pat tapo nepamainoma priemone. T. Bedfordas teigia, kad tviterio žinutės jau seniai lydi visus jo mokslinius darbus. Tačiau koronavirusas plinta taip sparčiai, kad pastaruoju metu jokiai mokslinei veiklai jis nebeturi laiko. Kai sausį pasirodė pirmasis genomas, „iš esmės savo mokslinius tyrimus aš perkėliau į tviterį“, teigia jis.
Kartu su moksliniais atradimais kartais pasirodo įkvepiančių kovinės dvasios kurstymų. „Mes galime suvaldyti šią epidemiją, – rašė jis žinutėje, kuri jau pacituota 5000 kartų. – Tai mūsų laikų „Apollo“ programa. Imkimės jos.“
Kovo 18 d. tviterio žinutėje T. Bedfordas pasiūlė ir būdą, kaip tai padaryti. Pasak jo, vienas iš būdų išeiti iš krizės – testų rinkiniai namuose sėdintiems žmonėms ir mobilieji punktai, kad būtų galima kuo anksčiau pastebėti atvejus, o tada pasitelkus mobiliųjų telefonų lokacijos duomenis atsekti visus ankstesnius koronavirusu užsikrėtusių asmenų žingsnius.
Mokslininkas pripažįsta, kad tviterio šlovė jį stulbina. „Tai labai, labai siurrealu, – sako T. Bedfordas, nuo protrūkio pradžios dirbantis po 16 valandų per parą. – Gaunu už tai tiek dėmesio, kai tuo tarpu kitų žmonių gyvybės nutrūksta baisiausiais būdais.“
Vienas iš pagrindinių jo bendradarbių, Richardas Neheris, yra skaičiavimo biologas Bazelio universitete. R. Neheris pasakoja, kad mintis realiu laiku stebėti viruso evoliuciją pasinaudojant interaktyvia svetaine jiems su T. Bedfordu kilo per Kalifornijos universiteto Santa Barbaros universiteto konferenciją 2014 metais. Jų pirminė idėja buvo sekti gripo evoliuciją, siekiant padėti skiepų gamintojams prognozuoti, kurios viruso padermės per kitą gripo sezoną galėtų išplisti visame pasaulyje. Tačiau ilgainiui jų svetainė Nextstrain.org išsiplėtė, apimdama daugelio kitų ligų protrūkių, įskaitant Zikos, Enteroviruso D68 ir Ebolos, duomenis.
Prasidėjus koronavirusui, T. Bedfordas ir R. Neheris jo sekimui pritaikė programinę įrangą, skirtą greitai išanalizuoti šimtus viruso genomų. „Nebuvo sudėtinga prisitaikyti, nes jau turėjome visą pagrindinę infrastruktūrą“, – pasakoja R. Neheris.
Nuo to laiko Nextstrain.org atnaujinama ištisą parą, prie jos dirba T. Bedfordo ir R. Neherio laboratorijų tyrėjai iš Siatlo ir Bazelio bei dar vienas mokslininkas iš Naujosios Zelandijos. Kadangi svetainėje bendradarbiauja mokslininkai iš viso pasaulio, visada yra kas nors, kas nemiega ir gali tuoj pat pradėti analizuoti naujus duomenis, vos tik Gisaid.org (svetainėje, kurioje mokslininkai skelbia informaciją) pasirodo dar vienas viruso genomas. Naujo viruso genomo analizė užtrunka apie 20–30 minučių, todėl svetainę galima dažnai atnaujinti.
T. Bedfordo nuomone, jo darbas praplečia, bet nepakeičia egzistuojančių virusų sekimo metodų, suteikdamas naujų duomenų, kurie papildo tradicinę epidemiologiją. Ir nors jo surinkti duomenys neįrodo užkrato grandinės, „įtariu, kad beveik viskas, ką matome Siatlo teritorijoje, yra tos pačios užkrato grandinės dalis“, sako jis.
Jis pradėjo analizuoti Kinijos koronaviruso genomus sausio 10 d., vos tik jie pradėjo plūsti į viešas duomenų bazes. Tuo metu sveikatos apsaugos institucijos tvirtino, kad viruso galimybės plisti tarp žmonių yra ribotos. Tačiau T. Bedfordas aptiko kai ką, kas jam sukėlė nerimą: viruso genomai buvo pernelyg tarpusavyje panašūs, kad būtų kilę iš skirtingų gyvūnų, užkrėtusių skirtingus žmones. Iš tikrųjų genomo duomenys leido spėti, kad kažkas juo užsikrėtė nuo vieno užkrėsto gyvūno apytikriai gruodžio pradžioje – ir nuo to laiko virusas ėmė plisti tarp žmonių.
„Šie genomo duomenys buvo viena pirmųjų ir ryškiausių indikacijų, rodančių epidemijos plitimą, – sausio 31 d. tinklaraščio įraše teigė T. Bedfordas. – Sausio 20 d. apie tai įspėjau visus savo pažįstamus visuomenės sveikatos priežiūros specialistus.“
T. Bedfordą ir R. Neherį riboja surinktas duomenų kiekis. Kol kas iš daugiau nei 350 000 infekuotų žmonių buvo išnagrinėti vos 1000 pacientų viruso genomai. Gauta nedaug genomo sekų iš Niujorko, kuris pralenkė Vašingtoną kaip labiausiai nukentėjusi JAV valstija. Apkrauti testavimo centrai dažniausiai neturi galimybių atlikti genomo analizę, kadangi jau ir taip nespėja tikrinti visų besikreipiančių žmonių.
Nepaisant to, bendrą vaizdą jau turime: dauguma koronaviruso telkinių, užfiksuotų Europoje ir Jungtinėse Valstijose, greičiausiai prasidėjo nuo užkrato bendruomenių viduje, kuris daugelį savaičių tyliai plito nuo žmogaus prie žmogaus.
„Mes manėme, kad visa tai vyksta Kinijoje ir yra tik Kinijos problema, tačiau apsirikome“, – sako R. Neheris.
