Centro veikloje yra numatyta parodinė, šviečiamoji ir meninė veikla, kuria bus siekiama pateikti lankytojams žydų kultūrą kaip bendro Lietuvos kultūrinio paveldo dalį, šviesti ir informuoti visuomenę, ugdyti jaunimą tolerancijos dvasia.

Pirmajame pastato aukšte yra įrengta salė su scena, talpinanti 200 žiūrovų. Antrajame aukšte veiks laikinos parodos ir telestudija, trečiajame - eksponuojama nuolatinė Lietuvos žydų Paveldo paroda, kurios dvylika skyrių bus užpildyti retais ar net unikaliais Lietuvoje ir pasaulyje išlikusiais eksponatais.

Atidarant Tolerancijos centrą bus demonstruojamos Sauliaus Beržinio juostos ir surengtas teatralizuotas spektaklis.

Sekmadienį Vilniaus dailės galerijoje taip pat bus atidaryta buvusio Vilniaus geto kalinio dalininko Samuelio Bako retrospektyvinė tapybos darbų paroda "Sugrįžimas".