Generolo Jono Žemaičio Lietuvos karo akademijoje veikianti institucija yra pavaldi Krašto apsaugos ministerijai, centras atsakingas už šalies kibernetinės erdvės saugumą, kibernetinių atakų suvaldymą, taip pat koordinuoja kitų institucijų veiklą kibernetinių išpuolių metu. Centro specialistai dažniausiai pirmieji pastebi, kad yra atakuojamos šalies institucijos, ir pirmieji apie tai jas informuoja.
Krašto apsaugos ministro Juozo Oleko teigimu, besikeičianti saugumo situacija išryškina kibernetinės gynybos svarbą, neseniai Varšuvoje vykusiame NATO viršūnių susitikime kibernetinė gynyba buvo pripažinta atskira saugumo erdve kartu su sausuma, jūra ir oru.
Pradžią NKSC atsiradimui davė 2015 m. sausį įsigaliojęs Kibernetinio saugumo įstatymas, centras įkurtas pertvarkius Ryšių ir informacinių sistemų tarnybą prie KAM.
Ryšių reguliavimo tarnybos (RRT) duomenimis, per pirmąjį šių metų ketvirtį buvo ištirta per 12 tūkst. kibernetinių incidentų, palyginti su paskutiniuoju 2015 m. ketvirčiu, jų skaičius išaugo 13 proc. Šiemet kibernetines atakas buvo patyręs Seimas, Prezidentūra, Užsienio reikalų ministerija, taip pat kariuomenės Jungtinis štabas.