Sprendimą dėl įsteigimo viešosios įstaigos, kuri turėtų pasirūpinti, kad Kauno centre būtų atnaujintas į Laisvės alėją įsiterpusioje Nepriklausomybės aikštėje stovinčios šventovės fasadas, praėjusių metų pabaigoje priėmė Kauno miesto taryba. Preliminariai skaičiuojant, vien parengiamiesiems darbams ir tyrimams prireiks netoli pusės milijono litų, o minėto sielovados pastato fasado kapitalinio remonto kaina gali siekti 10 mln. Lt.
Viešoji įstaiga "Soboro projektai" drauge su Kauno šv. arkangelo Mykolo (Įgulos) bažnyčios rektoratu rengs investicinius projektus, kad miestui ir visai Lietuvai reikšmingo kultūros paveldo objekto sutvarkymui būtų pritraukta Europos Sąjungos struktūrinių fondų parama.
Nuo 1915 m., vokiečių kariuomenei užėmus Kauną, bažnyčioje vyko pamaldos šiai kariuomenei. 1919 metų rugpjūtį bažnyčia pripažinta Lietuvos valstybės nuosavybe ir perduota Kauno karinei įgulai. Tada ji buvo pervadinta šv. arkangelo Mykolo vardu. Buvęs ikonostasas perkeltas į cerkvę Vytauto prospekte. 1934 m. Įgulos bažnyčia buvo pradėta remontuoti. 1939 m. čia įrengti vokiečių firmos E. F. Valker (Walcker) vargonai - reikšmingiausi tarpukario Lietuvoje.
Sovietmečiu (1962 m.) bažnyčia buvo uždaryta ir nusiaubta. 1965 m. joje įkurta Dailės muziejaus vitražo ir skulptūrų galerija, kryžiai ant kupolų pakeisti vėjarodžiais.
1991 m. rugsėjo 17 d. šventovė grąžinta tikintiesiems, jos kupoluose vėl iškelti kryžiai. 1992 m. čia vėl sugaudė varpai. 1993-1997 m. bažnyčia buvo renovuojama. 1996 m. paskirta Lietuvos kariuomenės Kauno įgulos reikmėms ir tapo Kauno įgulos bažnyčia. 2009 m. baigta jos vargonų restauracija.
ELTA primena, jog į Lietuvos Respublikos Nekilnojamųjų kultūros vertybių registrą įtrauktos bažnyčios vidus iš esmės atnaujintas tuomet, kai joje klebonavo visų mylimas kunigas ir poetas Ričardas Mikutavičius. Tačiau po tragiškos kunigo žūties šventovės išorės atnaujinimo darbai nebuvo tęsiami - trūko ir tebetrūksta lėšų.
Miesto savivaldybė iki šiol pagelbėjo bent iš dalies atsinaujinti ne vienai sielovados įstaigai - Pažaislio vienuolynui, Kristaus Prisikėlimo ir šv. Jurgio Kankinio bažnyčioms. Kai kurie bendri projektai tebetęsiami. Turima vilties, kad sėkmingai pavyks pradėti bei baigti ir dar vieną projektą - Įgulos bažnyčios fasado atnaujinimo.
Kauno miesto mero Andriaus Kupčinsko teigimu, Įgulos bažnyčiai tvarkyti parinktas labai tinkamas laikas: prasideda naujas (2014 - 2020 m.) ES lėšomis finansuojamų projektų įgyvendinimo etapas, taip pat žadama kitąmet pagaliau pradėti ir pačios Laisvės alėjos rekonstrukciją.