1998-2000 m. vasario mėn. jis buvo prezidento tuometinio patarėjo nacionalinio saugumo ir užsienio politikos klausimais Albino Januškos pavaduotojas gynybos klausimais. 2000 m. - 2003 m. A.Vaičeliūnas vadovavo generolo Jono Žemaičio Lietuvos karo akademijai.

Penktadienį prezidento patarėjas vidaus politikos grupės vadovas Lauras Bielinis susitiko su kai kurių Seimo frakcijų atstovais ir, neoficialiomis žiniomis, aptarė būsimojo kandidato į VSD vadovo postą klausimą.

DELFI žiniomis, prezidento patarėjas susitikimuose minėjo P.Vaičeliūną kaip vieną realiausių kandidatų į VSD vadovo postą.

Pats A.Vaičeliūnas DELFI penktadienį sakė kol kas iš paties prezidento Valdo Adamkaus pasiūlymo nesulaukęs, tačiau teigė, jog yra kviečiamas susitikti su šalies vadovu.

„Aš negaliu nei paneigti, nei patvirtinti, prezidentas man nesiūlė, nors girdėjau, kad esu vienas iš kandidatų. (…) Ne, su prezidentu nebuvo pokalbio apie tai, kad man siūloma vadovauti VSD. Bet buvo kalba apie tai, kad prezidentas norėtų su manimi susitikti gal kitą savaitę“, - teigė A.Vaičeliūnas.

Klausiamas, ar sutiktų, jei sulauktų siūlymo, kandidatuoti į VSD vadovo pareigas, A.Vaičeliūnas teigė, jog tokį iššūkį priimtų.

“Mano pozicija tokia - aš esu karys, tarnauju valstybei, priklausau valstybei ir jei prezidentas išreikštų pasitikėjimą - aš būčiau dėkingas už pasitikėjimą ir manau, kad sutikčiau“, - teigė A.Vaičeliūnas.

Generolas taip pat teigė manąs, jog būtų pajėgus imtis VSD reformų, nes reformos ir iššūkiai jį lydi visą gyvenimą.

Klausiamas, ar jo kandidatavimui į VSD vadovo postą negali tapti kliuviniu faktas, jog kažkada buvo dabartinio vyriausiojo premjero G.Kirkilo patarėjo Albino Januškos, kurio pavardė prieštaringai nuskambėjo VSD skandale, pavaduotoju, A.Vaičeliūnas sakė šiuo atveju neįžvelgiąs problemos ir apie A.Janušką esąs tik geros nuomonės.

“Aš tikrai nesu nei prokuroras, nei teisėjas, nes tai, kas rašoma - daug ko nežinau, tik tiek, kiek skaitau spaudoje. Bet tiek, kiek dirbau prezidentūroje - man malonu buvo dirbti su A.Januška, nes tai žmogus dirbantis valstybei. O kas kalbama aplinkui - ne man spręsti, aš nesu nei prokuroras, nei teisėjas”, - sakė A.Vaičeliūnas.

Paklaustas ar nepriklauso KGB rezervui, A.Vaičeliūnas atsakė: "jei būčiau priklausęs, šiandien nenešiočiau Lietuvos karininko uniformos".

A.Vaičeliūnas 1986 m. baigė Kaliningrado Aviacijos karo technikos mokyklą ir įgijo radiotechniko specialybę. 1988 - 1990 m. neakivaizdžiai studijavo Rygos Aukštojoje karo aviacijos inžinerijos mokykloje, tačiau pasitraukęs iš sovietų kariuomenės dėl politinių motyvų, jos nebaigė.

1994 -1996 m. studijavo Vokietijos Hamburgo generalinio štabo akademijoje.

1998 m. Džordžo Maršalo Saugumo studijų Europos centre (Vokietija) baigė kursus “Nacionalinio saugumo strategijos rengimas ir strateginių pokyčių valdymas”, 2004 m. studijavo NATO Gynybos Koledže, Generolų ir Ambasadorių kurse.

1991-1992 m. A.Vaičeliūnas buvo Krašto apsaugos departamento mokomojo junginio vado pavaduotoju, 1992-1994 m. - Panevėžio Karaliaus Mindaugo atskiro motodesantinio bataliono vadu, 1996-1998 m. “Geležinio vilko” motorizuotosios pėstininkų brigados štabo viršininku, 1998-2000 m. vasario mėn. prezidento nacionalinio saugumo ir užsienio politikos patarėjo pavaduotoju gynybos klausimais, 2000 - 2003 m. Generolo Jono Žemaičio Lietuvos karo akademijos viršininku.

2004 m. lapkričio 23 d. Prezidentas V.Adamkus A.Vaičeliūnui suteikė brigados generolo laipsnį.