Finansinį 2013-ųjų auditą atlikusi VK pranešė, kad AM jau ne pirmus metus nuolatinio pobūdžio administracinėms funkcijoms atlikti perkama specialistų paslaugas. Anot valstybės auditorių, ministerijai pavaldi Aplinkos projektų valdymo agentūra per 2013 metus už tokias paslaugas sumokėjo 490,8 tūkst. litų. Auditoriai apskaičiavo, kad jei nuolatinio pobūdžio užduotis atliktų agentūroje dirbantys darbuotojai, agentūrai skirtos lėšos būtų naudojamos taupiau, be to, būtų kaupiama darbuotojams reikalinga patirtis.
Auditoriai taip pat pateikė pastabų dėl ministerijos įgyvendinamos Lietuvos aplinkos apsaugos investicijų fondo programos. Šios programos nepanaudotų lėšų likutis nuo 2011 metų kasmet didėjo ir 2013 m. pabaigoje sudarė 37,7 mln. litų.
VK rekomendavo tvirtinti šios programos lėšų finansavimo kryptis ataskaitinių metų pradžioje, o ne jiems įpusėjus, taip pat sutrumpinti laiką nuo paraiškų gavimo iki sprendimo priėmimo - per trumpesnį laiką esą galėtų būti finansuota daugiau aplinkos investicinių projektų.
Auditoriai atkreipė dėmesį ir į tai, kad ministerija sukūrė vieną, o Aplinkos projektų valdymo agentūra – dvi valstybės informacines sistemas, prieš tai nepatvirtinusios šių sistemų nuostatų. Baigtos kurti dvi informacinės sistemos pradėtos naudoti jų neįteisinus, t. y. nepatvirtinus priėmimo ir tinkamumo eksploatuoti aktų.
Taip pat pastebima, jog audito metu nebuvo nustatyta reikšmingų valstybės lėšų ir turto valdymo pažeidimų, o į auditorių pastabas dėl ministerijos finansinių ir biudžeto vykdymo ataskaitų esą buvo reaguota operatyviai ir klaidas imtasi šalinti.