Trejetą metų E.Stonkutė dirbo Lietuvos agrarinės ekonomikos institute Žemės ūkio politikos skyriaus vedėjos pareigose. Prieš priimdama pasiūlymą dirbti premjero patarėja, E. Stonkutė Vytauto Didžiojo universitete ėjo Ekonomikos ir vadybos fakulteto vadybos katedros docentės pareigas. Jos mokslinių tyrimų sritys: strateginis valdymas, tarptautinė vadyba, žemės ūkio politikos formavimas, žemės ūkio ekonomika.

Naujoji patarėja yra daugelio mokslinių publikacijų, straipsnių, metodinių priemonių autorė. Jos darbai publikuoti užsienio ir Lietuvos specializuotuose leidiniuose.

Kiti premjero patarėjai: Gintaras Kalinauskas, Liutauras Kazlavickas, Mykolas Majauskas, Jonas Survila, Algirdas Šakalys, Kęstutis Škiudas ir Virgis Valentinavičius.