Vanduo palengvina plutos judėjimą ir transformaciją, todėl palydovo Charono gravitacija gali „nutempti“ plutą į kitas puses ir suformuoti tokią didžiulę žemumą. Iš kitos pusės, Plutono plutos storis labai varijuoja visoje planetoje. Tai reiškia, kad pluta yra labai šalta ir tvirta, nes kitaip laikui bėgant išsilygintų. Šalta pluta turėtų reikšti ir šaltą vidų, o vandenynas nuo Saulės sistemos susiformavimo laikų turėjo užšalti.
Dabar pasiūlytas naujas modelis, paaiškinantis, kaip Plutonas galėtų turėti ir ploną šaltą plutą, ir popaviršinį vandenyną. Nykštukinės planetos pluta didele dalimi sudaryta iš vandens ledo, o tarp ledo molekulių gali įstrigti įvairių dujų molekulės, suformuodamos struktūras, vadinamas klatratiniais hidratais. Tokie junginiai veikia kaip šiluminė izoliacija ir leidžia išlikti dideliam temperatūrų skirtumui tarp gelmių ir paviršiaus.
Tikėtiniausios klatratus formuojančios dujos yra metanas. Metano klatratai randami ir Žemėje, Arkties regiono ledynuose. Metanas gali susiformuoti skylant kitiems organiniams junginiams Plutono branduolyje ar kometų smūgių metu. Kitos gausios dujos – azotas – greičiausiai neįstringa tarp vandens molekulių ir formuoja ledynus Plutono paviršiuje. Toks mechanizmas gali būti reikšmingas ir kitiems Kuiperio žiedo objektams.