Marsa Alamo kaimelyje žmonės gyveno jau nuo akmens amžiaus. Apylinkėse randama daug akmens amžiaus piešinių ant uolų, kuriuose vaizduojami medžioklės su šunimis ritualai.
Antikos laikais Ptolemėjas II nutiesė apie 230 km ilgio kelią per visą Rytų dykumą nuo Edfu iki Marsa Alamo prie Raudonosios jūros. Kelias ėjo pro egiptietiško aukso kasyklas. Pasak archeologų, šis kelias buvo pagrindinis prekybinis kelias tarp Nilo žemumos ir Myos Hormoso uosto prie Raudonosios jūros. Romėnai šį antikinį uostą naudojo prekybai su Indija ir rytų Afrika. Taip pat per jį ėjo ir šilko kelias į Aziją.
Marsa Alamas buvo svarbus Egipto ekonomikai. Šiose apylinkėse gausu vario, švino, aukso, smaragdų ir kitų pusbrangių akmenų. Čia buvo pastatytos pirmosios pasaulyje smaragdų kasyklos, kurios vienintelės tiekė smaragdus Romos imperijai.
Kleopatros kasyklas, esančias Vadi el Gemalo nacionaliniame parke, pietinėje Marsa Alamo dalyje, galima aplankyti ir dabar. Nors ir nėra svarių įrodymų, kad šios kasyklos veikė Kleopatros valdymo laikais, tačiau dėl Kleopatros aistros papuošalams su smaragdais šios kasyklos ir buvo pavadintos jos vardu.
1571 m. sultonas Selimas I ant kalvos pastatė sunkiai įveikiamą Kuseiro tvirtovę, iš kurios prireikus buvo galima apginti El Kuseiro uostą ir sekti sultono imperijos prekybos kelius, vykstančius Raudonąja jūra.
1799 m. prancūzų armija, vadovaujama Napoleono, užėmė miestą ir tvirtovę, sustiprino jos apsaugą patrankomis. Šie sustiprinimai tvirtovei padėjo atsilaikyti prieš britų laivų puolimą. 1801 m. įsiveržus jungtinei britų ir indų armijai, vadovaujamai generolo Bairdo, prancūzai paliko tvirtovę.
XX a. dešimtajame dešimtmetyje šalia Marsa Alamo kaimelio ant laukinių nepaliestų paplūdimių ir palei pakrantę besidriekiantį koralinį rifą pradėjo kurtis Marsa Alamo kurortas. 2001 m. jame buvo pastatytas pirmasis ir vienintelis privatus šalyje oro uostas. 2007-aisiais buvo nutiestas naujas kelias tarp Marsa Alamo ir Edfu.
Šiuo metu kurorto pakrantėje iškilę daug naujų viešbučių, o povandeninis rifas traukia mėgėjus, nardančius su vamzdeliu ir kauke, ir giluminio nardymo entuziastus. Ko gero žinomiausia nardymo vieta prie Marsa Alamo yra Delfinų namai (Shaab Sa'madai). Pasagos formos rife itin gausu koralinio rifo gyvūnų.
Labiausiai jis žinomas dėl draugiškai nusiteikusių delfinų, kurių čia daug ir su kurias galima plaukioti vandens paviršiuje bei nerti į gilumą. Gamtos grožiu dvelkia ir pietinėje Raudonosios jūros pakrantėje įsikūręs Wadi el Gemalo nacionalinis parkas. Čia saugomi nykstantys sausumos ir jūros gyvūnai.
