Badain Džaranas pasižymi itin sausringu klimatu – metinis kritulių kiekis čia svyruoja nuo 50 iki 60 milimetrų. Beveik 40-80 kartų daugiau kritulių išgaruoja dar prieš iškrentant lietaus pavidalu.
Nepaisant šių sausų sąlygų, vienas nuostabiausių Badain Džarano bruožų – beveik 140 nuolatinių ežerų, tyvuliuojančių tarp kopų. Būtent šie ežerai ir suteikė vardą dykumai, mat išvertus iš mongolų kalbos jis reiškia „paslaptingi ežerai“.
Manoma, kad šiuos paslaptingus ežerus maitina povandeniniai vandens šaltiniai, tekantys po žvyro telkiniais ir pasirodantys tarp kopų tose vietose, kur klodai tampa smulkiagrūdžiais ir vanduo blokuojamas. Šio vandens šaltinis yra krituliai ir nuo kalnų, nutolusių nuo dykumos per šimtus kilometrų, ištirpęs sniegas. Šis kalnų vanduo teka per įtrūkimus uolose ir per žvyro telkinius po dykuma, ir pasirodo dykumoje ežerų forma. Nors šaltiniuose teka gėlas vanduo, didžioji dalis ežerų yra druskingi, o tai galima paaiškinti dideliu garingumu. Kai kurie ežerai dėl didelio dumblių, krevečių ir mineralų kiekio keičia spalvą. Dėl didelio garingumo aplink kai kuriuos ežerus susiformavo druskos pluta.
Gėlojo vandens ežerai užtikrina gyvybingumą dykumoje – pasitarnauja kupranugariams, ožkoms ir arkliams, kuriuos gena dykuma keliaujantys klajokliai. Daugumą ežerų taip pat supa žalias augalijos žiedas.
Pastaraisiais dešimtmečiais kai kurie šių ežerų susitraukė ar net dingo – tai dėl urbanizacijos, melioracijos, vandens nukreipimo ir augančio gyventojų skaičiaus sumažėjusio povandeninio vandens kiekio rezultatas.
