Žodis “Hagia” graikų kalba reiškia “dievišką”, o “Sophia” - “išmintį”, tad ši bažnyčia taip pavadinta siekiant pagerbti Jėzaus Kristaus dieviškąją išmintį. Ji buvo pastatyta 360 m. valdant Konstantinui ir vadinta “Megala Ekklessia”, arba “didžiąja bažnyčia”.
404 metais per maištą ji sudegė, bet po metų imperatorius Teodozijus ją atstatė. Deja, ir šis statinys netrukus pavirto pelenais. Trečioji bažnyčia toje pačioje vietoje buvo baigta statyti 537 m., valdant imperatoriui Justinianui I; jos statybos tetruko 5 metus.
Imperatorius Justinianas buvo uolus krikščionis ir tikėjosi, kad ji padės pritraukti daugiau tikinčiųjų. Ši bažnyčia buvo imperijos širdis, čia vykdavo karūnavimai ir visos svarbios krikšto ceremonijos. Kai 1453 m. Stambulą užkariavo turkai, Mehmedas Užkariautojas šia bažnyčią nedelsdamas pavertė mečete, nes pranašas Mahometas buvo sakęs, kad kariuomenė, kuri užkariaus Stambulą, sulauks Alacho malonės.
Bėgant metams mečetė pasipuošė keturiais minaretais, pietinėje jos dalyje buvo pastatyta sakykla, o sienų mozaikos paslėptos po storu tinko sluoksniu, nes Islamas jas draudė. Tiesą pasakius, tai išėjo tik į naudą, nes tokiu būdu mozaikos ir freskos buvo išsaugotos ateities kartoms.
Mečetė ji buvo iki tol, kol Mustafa Kemalis Atatiurkas įsakė ją paversti muziejumi. Jis manė, kad tai yra pasaulio paveldas, kuris turi būti atviras visiems žmonėms. 1929 m. pradėtas gramdyti tinkas, o 1940 m. ši bažnyčia-mečetė vėl atvėrė duris, tik jau kaip muziejus.
