Vėliau mokyklą globojo "Ryto" draugija.
Lenkams okupavus Rytų Lietuvą, gimnazija buvo iškraustyta į gatvę. Lietuvius priglaudė žydų visuomenės atstovai, pasiūlę pamokas vesti žydų realinėje gimnazijoje Lichanšteino name Arklių gatvėje.
Per 90 metų šios mokyklos mokytojams ir mokiniams nuolat teko kraustytis iš vieno į kitą senojo Vilniaus pastatą.
1921 metais Vilniaus lietuviai Mokyklų kuratorijai pasiūlė gimnaziją vadinti Vytauto Didžiojo vardu. Tam buvo pritarta.
Po dešimties metų prisiglaudę Konstantino Stašio namuose sostinės A. Jakšto gatvėje, gimnazistai rengė vaidinimus, koncertus, minėjimus, įkūrė skautų organizaciją, savo futbolo komandą "Lithuania".
Į pamokas eidavo ne uniformuoti, bet būtinai ant kairės rankovės prisisiuvę mokyklos numerį ir užsidėję kepures su ženklu VDG.
Net 17 metų Vytauto Didžiojo gimnazijai vadovavo Marcelinas Šikšnys, atkakliai kovojęs prieš mokymo sulenkėjimą ir mokyklos išsaugojimą. Tačiau 1940 metais Vytauto Didžiojo gimnazija buvo padalyta į dvi dalis. Berniukų gimnazija ir toliau liko vadintis Vytauto Didžiojo vardu, o atskirtos mergaičių klasės tapo atskira Birutės gimnazija, iš kurios išsirutuliojo dabartinė Salomėjos Nėries mokykla.
1940-aisiais tuometinis švietimo liaudies komisaras Antanas Venclova Vytauto Didžiojo gimnaziją pervardino į Vilniaus pirmąją vidurinę mokyklą. 1957-aisiais Lietuvos TSR Aukščiausioji Taryba mokyklai skyrė čekisto Felikso Dzeržinskio vardą.
Vis dėlto mokytojams ir moksleiviams pavyko įtikinti tuometinę valdžią, kad reiškiant pagarbą neseniai mirusiam rašytojui Antanui Vienuoliui I vidurinei būtų tinkamiausia proga suteikti jo vardą.
Nors ir labai gerbdami A. Vienuolį, 1991 metais mokyklos pedagogai, auklėtiniai, Vytauto Didžiojo gimnazijos atkūrimo taryba ir atkūrimo šalpos fondas siekė atkurti istorinę tiesą - grąžinti mokyklai Vytauto Didžiojo gimnazijos vardą.
Tokiu pavadinimu į naujas patalpas persikrausčiusi mokykla buvo atkurta 2004 metų spalio 7-ąją.
"Nežinia kaip kitiems, bet mums ta pokario gimnazija liko visų švenčiausias atsiminimas. Ir dabar, veik perpus praretėję, septyniasdešimtmečiai tuos metus vertiname kaip didžiausią turtą", - teigia gimnazijos auklėtinis žurnalistas R. Mockus.
