Napoleonas Bonapartas Veliuonos seniūnijos dalį kairiajame Nemuno krante – Lukšių, Sintautų, Plokščių bei Ilguvos parapijas – atidavė kunigaikščiui Juozapui Poniatovskiui, kuriam mirus 1813 m. valdas paveldėjo jo sesuo Teresei Tiškevičienei. Visa valda (155 kaimai ir apie 300 valakų girios) vadinosi bendru Zyplių turtų vardu, o patys Zypliai buvo dvarelis su apie 60 margų žemės (dabar Senieji Zypliai).

Naujoji savininkė Zyplių net nematė, nes nuolat gyveno Paryžiuje. Apie 1845–1855 m. pritrūkusi pinigų, dvarą pardavė Polocko gubernijos dvarininkui Jonui Bartkovskiui. Šis pasistatė naują dvarą netoli Lukšių ir pavadino jį Naujaisiais Zypliais. Vieta, kurioje pastatyti rūmai, vadinosi Palankiais – dvarininkas stengęsis taikiai sugyventi su vietos žmonėmis.

Jonui Bartkovskiui mirus, dvaras atiteko podukrai Joanai Volfersaitei-Kučinskienei, kuri dvare negyveno ir į dvarą buvo atvykusi tik du kartus (statant ir šventinant bažnyčią).

Vėliau Zypliai atiteko Liudvikai Ostrovskienei, Naujuosius Zyplius pardavusiai grafui Tomui Potockiui, kuris 1891–1901 m. iš pagrindų pertvarkė dvaro sodybą – vienaaukščiams rūmams pristatė dviaukščius korpusus, sukūrė vakarinę parko dalį, nutiesė parką ribojančius kelius-alėjas.

Apie 1897 m. nuo garo mašinos sudegė visi mediniai ūkiniai pastatai, vietoj jų buvo atstatyti plytų mūro.

1912 m. Varšuvoje grafas staiga mirė ir buvo pervežtas į Zyplius. Po jo mirties iki Antrojo pasaulinio karo dvarą valdė grafo žmona.

1919 m. iš Seinų čia perkelta kunigų seminarija, dar vėliau atidaryta žemės ūkio mokykla. Karo ir pokario laikotarpiu veikė ligoninė, buvo kolūkio kontora, apylinkės vykdomasis komitetas.

Lukšių miestelio seniūno Vido Cikanos rūpesčiu 2002 m. pradėti dvaro tvarkymo ir atstatymo darbai. Šiuo metu dvare įsikūrusi aktyvi Šakių rajono tautodailininkų bendrija „Dailius“, čia nuolat vyksta įvairūs renginiai: spektakliai, koncertai, plenerai, stovyklos. Per metus dvarą aplanko apie 10 tūkst. svečių.