Pagal Lietuvos Respublikos autorių teisių ir gretutinių teisių įstatymą (ATGTĮ) kompiuterinės programos yra saugomos kaip autorių teisių objektai. Autorių teisės į kompiuterinę programą atsiranda nuo kompiuterinės programos sukūrimo momento ir nereikalauja jokios registracijos. Toks automatinis autorių teisių atsiradimas turi vieną didelį minusą – ginčo atveju labai sunku įrodyti kompiuterinės programos autorystę. Priklausomai nuo to, kas yra kompiuterinės programos kūrėjas, atsiranda autorių turtinės teisės (teisė atgaminti, platinti ir pan.) į tą programą. Taip pat ATGTĮ nuostatos skelbia, kad jeigu kompiuterinę programą sukūrė darbuotojas/keli darbuotojai, atlikdami savo tarnybines pareigas, autorių turtinės teisės į tokią programą priklauso jų darbdaviui. Taigi kompiuterinių programų autorystės nustatymo klausimas yra gan aktualus, ypač didelio žinomumo neturinčioms įmonėms ir fiziniams asmenims.

Autorių teisių objektų autorystei įrodyti dažnai naudojama tokia priemonė, kaip registruoto laiško su kūrinio kopija išsiuntimas sau (saugant gautą laišką). Tačiau toks autorystės apsaugos būdas nėra pats veiksmingiausias, nes vokas gali būti pamestas arba atplėštas anksčiau laiko (dėl ko bus prarasta jo įrodomoji vertė). Efektyviausiu kompiuterinės programos autorystės įrodymu šiuo metu yra kompiuterinės programos registravimas. Lietuvoje kompiuterines programas galima registruoti kompiuterinių programų registre, kurį įkūrė „Infobalt“ autorinių teisių agentūra .

Kompiuterinės programos registravimas kompiuterinių programų registre turi šiuos privalumus: (i) kompiuterinės programos autoriaus identifikavimas (autorystės nustatymas); (ii) kompiuterinės programos paskelbimo fakto nustatymas (fiksavimas); (iii) kompiuterinės programos kopijos, kuri ginčo atveju gali būti panaudota ekspertizei, saugojimas.

Norint užregistruoti kompiuterinę programą „Infobalt“ kompiuterinių programų registre, reikia pateikti: prašymą dėl kompiuterinės programos įtraukimo į registrą, deklaraciją dėl autorių teisių, kompiuterinės programos aprašymą, dvi identiškas kompiuterių duomenų laikmenas su įrašyta kompiuterine programa, kvito apie registracijos mokesčio ir depozitinio saugojimo mokesčio sumokėjimą nuorašą.

Kompiuterinių programų kūrėjai turėtų suprasti, kad svarbu ne tik užtikrinti savo sukurtos programos autorystės apsaugą, tačiau ir tos programos pavadinimo apsaugą. Daugeliu atvejų kai rinkai pateikiama kokybiška, turinti didelę paklausą, kūrėjams pelninga kompiuterinė programa, netrukus atsiranda analogiškos programos, kurios parduodamos tapačiu arba labai panašiu pavadinimu taip siekiant pasipelnyti originalios programos sąskaita. Kad to būtų išvengta, rekomenduojama kompiuterinės programos pavadinimą užregistruoti kaip prekių ženklą. Kompiuterinės programos pavadinimą galima registruoti nacionaliniu, Bendrijos arba tarptautiniu lygmeniu. Registracija nacionaliniu lygmeniu užtikrins pavadinimo apsaugą Lietuvos teritorijoje, Bendrijos – visoje Bendrijos teritorijoje. Tarptautinė registracija aktuali tuo atveju, jei kompiuterinę programą planuojama platinti ne tik Bendrijos teritorijoje, bet ir trečiųjų šalių (pvz. Rusijos, JAV ir pan.) teritorijose.

Tiek prekių ženklų registravimas, tiek kompiuterinės programos autorystės registracija nėra brangios procedūros. Lietuvoje prekių ženklo registracija kainuoja nuo 480 Lt, o kompiuterinės programos registracijos mokestis – 700 Lt juridiniams asmenims ir 350 Lt fiziniams asmenims (papildomai skaičiuojamas metinis 300 Lt mokestis juridiniams ir 200 Lt fiziniams asmenims už depozitinį kompiuterinės programos kopijos saugojimą).

Nedidelės išlaidos ir keletas veiksmų oficialiai registruojant kompiuterinės programos autorių ir tos programos pavadinimą padeda efektyviai užtikrinti programos kūrėjų bei autorių turtinių teisių turėtojų interesus ir išvengti potencialių nuostolių, kurie, kaip taisyklė, būna keliasdešimt ar kelis šimtus kartų didesni už finansines išlaidas, patirtas šiuos veiksmus atliekant.