Mokestinis ginčas kilo dėl to, kad Vilniaus teritorinė muitinė, atlikusi importuotų produktų laboratorinius tyrimus bei nustačiusi jų rezultatų neatitikimą deklaruotiems duomenims (buvo deklaruota, kad importuota žaliavinė nafta, tačiau muitinės laboratorija nustatė, jog buvo importuotas mazutas) bei vadovaudamasi Bendrijos muitinės kodekso 78 straipsniu ir Europos Sąjungos Teisingumo Teismo praktika, tyrimų rezultatus ir dėl to kylančias mokestines pasekmes pritaikė ir ankstesnių importo atvejų, kurių produktų tyrimų nebuvo galimybės atlikti dėl šių produktų išleidimo į apyvartą.
Tokią išvadą Vilniaus teritorinė muitinė padarė, konstatavusi, jog visais atvejais buvo importuoti tapatūs produktai. Mokestinio ginčo nagrinėjimo metu tokią Vilniaus teritorinės muitinės poziciją palaikė Muitinės departamentas, Mokestinių ginčų komisija ir Vilniaus apygardos administracinis teismas.
Tačiau galutinį tašką šioje byloje padėjo Lietuvos vyriausiasis administracinis teismas, kuris su tokia pozicija nesutiko. Nors apeliacinės instancijos teismas nurodė, jog mokesčių mokėtojo deklaracijose muitinei pateikti duomenys apie prekes visais atvejais sutampa, kadangi nurodytas tas pats gamintojas, prekės pavadinimas, rūšis, sudėtis ir TARIC kodas, tačiau taip pat pažymėjo, jog prekių tapatumas/netapatumas gali būti įrodinėjamas ne tik deklaranto pateikta informacija muitinei deklaruojant prekes, bet ir kitais duomenimis – informacija apie prekių importo arba eksporto operacijas, informacija apie prekių gamintojus ir tiekėjus, informacija apie tolimesnę prekybą su šiomis prekėmis bei jų panaudojimą.
Apeliacinės instancijos teismas įvertinęs tai, kad muitinės laboratorijoje patikrintų bei nepatikrintų prekių tiekimai (importas) skyrėsi tiekimo sąlygomis, skirtingais produktų tiekėjais bei galutiniais jų gavėjais, atsižvelgęs į tai, kad ansktesnių tiekimų atveju galutinis produktų gavėjas Lenkijos naftos perdirbimo įmonė raštu patvirtino, jog iš mokesčių mokėtojo gavo būtent tuos produktus, kurie buvo deklaruoti muitinei, bei į tai, jog ir produktų gamintojas Kazachstano įmonė raštu patvirtino, jog skirtingų tiekimų atvejais buvo patiekti skirtingi produktai, konstatavo, jog mokesčių mokėtojas paneigė muitinės laboratorijoje patikrintų ir nepatikrintų produktų tapatumą bei netiesioginiais pagrindais apskaičiuotų mokesčių ir su jais susijusių mokestinių sumų pagrįstumą.
Apeliacinės instancijos teismas taip pat pažymėjo, jog šį mokestinį ginčą nagrinėjusių institucijų, atliktas įrodymų vertinimas, reikalaujant iš pareiškėjo pateikti prekių, importuotų ankstesniais laikotarpiais, laboratorinių ir panašių tyrimų rezultatus, kuriuos galimai galėjo atlikti šių prekių galutinis gavėjas – stambi Lenkijos naftos perdirbimo įmonė ar kiti subjektai, o jų nepateikus, atmesti galutinio prekių gavėjo teiginius apie gautų prekių rūšį, yra nepagrįstas ir neteisingas, kadangi, remiantis Bendrijos muitinės kodekso 78 straipsniu, ekstrapoliuoti galima tas prekes, kurios buvo išleistos į apyvartą jų nepatikrinus ir šiuo metu jų nebėra galimybės patikrinti, todėl tokiais atvejais įrodymų vertinimo objektu, kaip taisyklė, yra išlikę dokumentai bei kiti duomenys ar informacija apie ginčo prekes, kurie neturėtų būti paneigiami vien dėl to, jog nėra juos patvirtinančių laboratorinių ir kitų tyrimų.
Šis Lietuvos vyriausiojo administracinio teismo sprendimas reikšmingas tuo aspektu, jog nors ir yra suformuota Europos Sąjungos Teisingumo Teismo praktika, leidžianti muitinei importuotų prekių atžvilgiu apskaičiuoti mokesčius, remiantis netiesioginiais duomenimis (ekstrapoliuojant duomenis), tačiau taip pat egzistuoja mokesčių mokėtojui realios galimybės tokį apmokestinimą paneigti, pateikus objektyvius ankstesnių ir (ar) vėlesnių tiekimų, eksporto ir (ar) importo operacijų dokumentus ir (ar) duomenis, kurie leidžia paneigti prekių, kurių importas buvo apmokestintas, remiantis netiesioginiais duomenimis, tapatumą prekėms, kurios buvo patikrintos muitinės laboratorijoje.
