"Lindra" motyvavo, kad mokesčių administratorius vadovavosi ne PVM įstatymo, o Vyriausybės nutarimu patvirtinta PVM mokėtojų registravimo tvarka. Lietuvos vyriausiojo administracinio teismo nuomone, minėtas PVM mokėtojų registravimo tvarkos punktas prieštaravo PVM įstatymui, nes nustatė kitokią nei įstatyme PVM apskaičiavimo ir mokėjimo tvarką.
Pagal Konstituciją mokesčius nustato tik Seimas ir tik įstatymu.
Konstitucinis Teismas konstatavo, kad PVM įstatymas nediferencijavo PVM mokėtojų pagal tai, ar jie buvo įsiregistravę Valstybinėje mokesčių inspekcijoje, ar ne. Pagal PVM įstatymą visi PVM mokėtojai turėjo teisę atskaityti PVM už tiekėjų pateiktas prekes, suteiktas paslaugas bei importuotas prekes, skirtas apmokestinamoms prekėms gaminti, parduoti ir apmokestinamoms paslaugoms teikti.
Tuo tarpu Vyriausybės nutarimu patvirtintos PVM mokėtųjų registravimo tvarka susiaurino asmenų, kurie pagal įstatymą turėjo teisę atskaityti pirkimo PVM, ratą.