Kaip teigiama VSD atsakymuose BNS, 1999 metų rugsėjo 8 dieną tuometinis Lietuvos aukštesnysis administracinis teismas išnagrinėjo VSD ir Lietuvos gyventojų rezistencijos ir genocido tyrimo centro teikimą ir "priėmė sprendimą netaikyti Algirdui Matoniui įstatymo „Dėl SSRS valstybės saugumo komiteto (NKVD, NKGB, KGB, MGB) vertinimo ir šios organizacijos darbuotojų dabartinės veiklos“ 2 straipsnyje numatytų apribojimų".
Teismas motyvavo tuo, kad A.Matonis po 1990 metų kovo 11 dienos dirbdamas KGB, vykdė Lietuvos Respublikos valdžios pareigūnų pavedimus, suteikė jiems visą turimą vertingą informaciją apie KGB veiklą ir veikė Lietuvos Respublikos labui.
"Šio teismo sprendimo pagrindu 2001 metų balandžio 11 dieną Vidaus reikalų ministerija A.Matoniui suteikė leidimą dirbti su įslaptinta informacija", - rašoma VSD atsakymuose.
Šiuo metu galiojantis Valstybės ir paslapčių tarnybos įstatymas numato, kad leidimas dirbti ar susipažinti su įslaptinta informacija arba asmens patikimumo pažymėjimas asmeniui neišduodamas, jeigu, be kita ko, asmuo "dėl Lietuvos Respublikai priešiškų interesų yra bendradarbiavęs ar palaiko ryšius su kitos valstybės specialiąja tarnyba arba su asmenimis, bendradarbiaujančiais su kitos valstybės specialiąja tarnyba".
Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centro (LGGRTC) generalinė direktorė Teresė Birutė Burauskaitė BNS patvirtino, jog A.Matonis savo darbo biografijoje nutylėjo faktą, kad sovietmečiu ir nepriklausomybės atkūrimo pradžioje dirbo sovietų saugumui. Tuo metu policijos generalinis komisaras Saulius Skvernelis teigia, jog apie A.Matonio darbą KGB buvo žinoma.
Informacija, kad Lietuvos kriminalinės policijos biuro viršininkas A.Matonis dirbo KGB, penktadienį paskelbė portalas delfi.lt. Tai paaiškėjo Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centrui paskelbus kadrinių KGB darbuotojų sąrašus.
Portalo kgbveikla.lt duomenimis, A.Matonis sovietų saugumui dirbo Dzūkijoje. Jo pavardė įrašyta Druskininkuose dirbusių kadrinių KGB darbuotojų sąrašuose, jis buvo KGB operatyvinis įgaliotinis Druskininkų rajone.
Vidaus reikalų ministras Artūras Melianas teigia nebuvęs informuotas apie tokias Kriminalinės policijos biuro vadovo praeities detales.
A.Matonis patvirtino dirbęs KGB, tačiau pabrėžė nevykdęs jokios veiklos, dėl kurios ši struktūra turėjo labai prastą reputaciją.
"Buvau tuo metu tik pradedantysis darbuotojas. Dirbau kaip teisininkas, manau, kiek įmanoma. Ir tikrai nedariau neteisėtų ar neteisingų žingsnių", - tvirtino aukštas policijos pareigūnas.
A.Matonis policijoje dirba nuo 1991 metų, kriminalinei policijai vadovauja nuo 2005-ųjų. Per visą tarnybos laiką pareigūnas ne kartą skatintas ir apdovanotas. 2002 metais jis prezidento dekretu apdovanotas Vyčio Kryžiaus 5-ojo laipsnio ordinu.