Dėl šiuo metu veikiančios aplinkos apsaugos valstybinės kontrolės organizavimo sistemos griežtai yra pasisakę EBPO ekspertai. Pasak jų, mūsų šalyje neužtikrinamas vieningas aplinkos apsaugos valstybinės kontrolės planavimas, vykdymas bei nėra tinkamos rezultatų vertinimo sistemos.
Atskiruose regionuose skiriasi aplinkos apsaugos valstybinės kontrolės krūvis ūkinei veiklai, o ūkio subjektų konsultavimo sistema nėra efektyvi ir tolygi. Šiuo metu 8 regionų aplinkos apsaugos departamentai bendrąsias funkcijas, pavyzdžiui, finansų apskaitą, dokumentų tvarkymą, personalo ir ūkio valdymą, vykdo atskirai. Todėl valstybės biudžeto lėšos naudojamos neefektyviai.
Tikimasi, kad šis sprendimas užtikrins efektyvesnę pažeidimų kontrolę, bus pagerinta aplinkos būklė bei sudarytos vienodos sąlygos ūkio subjektų veiklai, teikiama kokybiškesnė pagalba verslui. Veiklos krūvis teritoriniu atžvilgiu bus subalansuotas, užtikrinta veiksmingesnė atliekama rizikų analizė, efektyviau veiks kontrolės planavimo sistema. Taip pat numatoma tolygiau paskirstyti pareigūnų darbo krūvį, tinkamai naudoti išteklius. Pertvarką numatoma vykdyti kaip galima labiau išlaikant darbo vietas regionuose.
Siūloma, kad minėtas funkcijas Aplinkos apsaugos departamentas perimtų ne vėliau kaip 2018 m. liepos 1 d.