Vienuolyno pastatų nusavinimo istorija prasidėjo, kai sovietmečiu nacionalizuotas vienuolyno turtas buvo perduotas naudoti Profesinių sąjungų tarybai, o šioji minimu turtu leido naudotis Lietuvos mokslo techninėms draugijoms. Prasidėjus Atgimimui, Lietuvos mokslo techninių draugijų suvažiavimas nusprendė atsisakyti pavaldumo sovietinėms organizacijoms ir buvo reorganizuotas į Lietuvos mokslo ir technikos draugijų asociaciją (LMTDA). 1991 m. liepos 2 d. LMTDA kartu su kitais asmenimis pasirašė UAB "Mokslo ir technikos rūmai" steigimo sutartį, kurios pagrindu 1991 m. liepos 11 d. aktu steigiamos bendrovės akcijas apmokėjo nepiniginiu įnašu - vienuolyno pastatais. LMTDA kaip neturtinį įnašą į steigiamą Atsakovą įnešė turtą, priklausantį valstybei, t. y. sudarė sandorį dėl turto, kuriuo neturėjo teisės disponuoti.
Ieškovas Mažesniųjų brolių konventualų (pranciškonų) ordino vienuolynas 2004 m. liepos 14 d. kreipėsi į teismą ir prašė panaikinti pastatų, esančių Vilniuje, Trakų g. 9/Pranciškonų g. 1, 1994 m. gegužės 6 d. teisinę registraciją atsakovo UAB "Pranciškonų rūmai" vardu ir įpareigoti atsakovą UAB "Pranciškonų rūmai" grąžinti šiuos pastatus Lietuvos valstybei. Byla jau antrą kartą pasiekė LAT, kuris 2013 m. vasario 8 d. paskelbė nutartį, galutinai išsprendusią ginčus.
Po 9 metų bylinėjimosi vienuolyno pastatai, esantys Vilniaus senamiesčio širdyje, grąžinti valstybei. Mažesnieji broliai konventualai tiki kad Lietuvos vyriausybe nedels ir sekmingai užbaigs reikalingas procedūras ir vienuolynas bus gražintas Ordino vienuolynui.
Ši LAT nutartis yra galutinė ir neskundžiama.