Nuo 1995 metų J. Bernatavičius yra Lietuvos paraplegikų asociacijos narys, o nuo 2008 metų eina šios asociacijos prezidento pareigas. 2003 m. jis tapo Lietuvos biomechanikų sąjungos nariu, o po metų – Techninės pagalbos neįgaliesiems centro prie Socialinės apsaugos ir darbo ministerijos (SADM) ekspertu.

J. Bernatavičius yra sukaupęs didelę patirtį švietimo srityse, nukreiptose į pagalbą neįgaliesiems. Pastaruosius dvylika metų jis yra Europos žmonių su nugaros smegenų pažeidimais konfederacijos narys, Vilniaus universiteto Medicinos fakulteto asistentas bei Kineziterapijos ir Ergoterapijos bakalauro studijų programos savianalizės grupių narys.

Du kartus per mėnesį, pagal iš anksto numatytą grafiką, J. Bernatavičius susitiks su interesantais Neįgaliųjų reikalų departamente prie SADM.