Lietuvos krikščionių demokratų sąjunga (LKDS) yra penktoji partija, su kuria M.Čobotas per visą nepriklausomybės laikotarpį bandė laimėti kuriuos nors rinkimus.
1990 metais M.Čobotas į Aukščiausiąją Tarybą - Atkuriamąjį Seimą buvo išrinktas kaip tautinės lenkų mažumos atstovas. 1992 metų pabaigoje į Seimą jis pateko kartu su Lietuvos krikščionių demokratų partija. 1997 metų pavasarį, būdamas Tėvynės sąjungos (Lietuvos konservatoriai) sąraše, buvo išrinktas į Vilniaus miesto savivaldybės tarybą.
Prieš šių metų savivaldybių rinkimus M.Čoboto pavardė buvo įrašyta į Liberalų sąjungos sąrašą Vilniuje, bet po to politikas pareiškė pasitraukiąs iš politikos.