Lietuvai šiose pratybose atstovavo apie 150 karių iš Motorizuotosios pėstininkų brigados „Žemaitija“ štabo, Juozo Vitkaus inžinerijos bataliono kovinių inžinierių skyriaus, LDK Kęstučio mechanizuotojo pėstininkų bataliono.
Taip pat pratybose dalyvavo ir penki Lietuvos kariai, kurie tarnauja trišalės Lietuvos, Lenkijos ir Ukrainos brigados LITPOLUKRBRIG štabe. Kartu pratybose dalyvavo ir daugiau nei 30 nuolatinės privalomosios pradinės karo tarnybos karių.
Pratybų tikslas – treniruoti ir stiprinti NATO sąjungininkų tarpusavio sąveiką.
Lietuvos kariniai vienetai veikė išvien su Jungtinių Amerikos Valstijų, Lenkijos, Kroatijos, Slovėnijos ir Turkijos kariais.
Lietuvos kariuomenės Sausumos pajėgos į šias pratybas delegavo vieną mechanizuotą pėstininkų kuopą iš Lietuvos didžiojo kunigaikščio (LDK) Kęstučio Mechanizuoto pėstininkų bataliono (MPB), Juozo Vitkaus inžinerijos bataliono (JVIB) kovinių inžinierių skyrių, ABC (apsauga nuo atominio, branduolinio ir cheminio ginklo) vienetą, sprogmenų neutralizavimo komandą ir du štabo karininkus.
Pratybose „Anakonda 2016“ Lietuvos kontingente kartu su profesinės karo tarnybos kariais užduotis vykdė ir nuolatinės privalomosios karo tarnybos kariai. LDK Kęstučio MPB 1 mechanizuotos pėstininkų kuopos sudėtyje tarnauja daugiau kaip 30 šauktinių. Jiems šios tarptautinės pratybos yra baigiamosios jų tarnyboje, birželio 21 d. šie kariai išleidžiami į atsargą.
„Anakonda 2016“ yra jau šeštosios tokio pobūdžio pratybos nuo 2006 m. Šiais metais pratybose šalys dalyvės delegavo 3000 įvairios kovinės technikos vienetų, 105 skirtingos paskirties orlaivių ir 12 laivų.