Lietuva rėmė EHU nuo pat jo įsikūrimo Vilniuje 2005 m., kuomet dėl Baltarusijos valdžios sudaromų kliūčių universitetas buvo priverstas nutraukti savo veiklą Minske ir tapo vieninteliu Europoje universitetu, veikiančiu tremtyje.
2009 m. tarptautinės donorų konferencijos metu Lietuvos Vyriausybė įsipareigojo skirti patalpas jo veiklai Vilniaus senamiestyje esančiame Augustinų vienuolyno komplekse. Jau dešimtį metų Lietuvoje veikiančio universiteto bendruomenė šiuo metu glaudžiasi skirtingose sostinės vietose.
„Džiaugiuosi, kad Švietimo ir mokslo ministerijos pastangomis Augustinų vienuolyno pastatas jau baigtas renovuoti ir yra pritaikytas EHU reikmėms. Tai rodo Lietuvos visokeriopą palaikymą šiam išskirtiniam tarptautiniam projektui. Įsikūręs Vilniaus širdyje universitetas tęs mūsų istorines tradicijas įtvirtindamas Vilnių, kaip regiono akademinį traukos centrą, kur kuriamos galimybės Baltarusijos ir kitų Rytų regiono šalių jaunimui įgyti europinėmis vertybėmis grįstą išsilavinimą“, – sakė L. Linkevičius.
Šiais metais universitetas paminėjo savo veiklos 10-metį Lietuvoje: Vilniuje įvyko Užsienio reikalų ministerijos kartu su Europos Komisija organizuota EHU aukšto lygio donorų konferencija. Į ją susirinkę tarptautiniai EHU donorai aptarė universiteto ateities viziją ir planus gerinti studijų kokybę bei dar kartą patvirtino savo paramą šiam projektui, kuris prisideda prie demokratiškos Baltarusijos visuomenės kūrimo ir Baltarusijos ryšių su Europa stiprinimo.
Universitetą remia Europos Komisijos, Šiaurės šalių ir kitų Europos Sąjungos šalių vyriausybės bei privatūs JAV ir Europos šalių fondai. EHU ir toliau išlieka vienu iš prioritetinių pasirinkimų tarp Baltarusijos studentų – 2016 m. į bakalauro ir magistro studijas buvo priimti 264 studentai. Iš viso šiuo metu universitete studijuoja daugiau kaip 1400 studentų.