Į teismo posėdį J. E. Petraitis atvyko ne vienas - su žmona Giedre Petraitis.
Prokurorai 53 metų J. E. Petraitį kaltina tuo, kad neturėdamas leidimo bei nepateikęs muitinės kontrolei jis per Lietuvos Respublikos sieną gabeno didelės vertės antikvarinį daiktą, atlikdamas kontrabandą stambiu mastu, bei pagamino netikrą didelės vertės vertybinį popierių ir jį realizavo.
Atlikus ikiteisminį tyrimą nustatyta, kad siekdamas neteisėtai išgabenti iš Lietuvos, J. E. Petraitis 2000 metais, laikotarpiu nuo rugsėjo 1 d. iki 3 d., iš kunigo R. Mikutavičiaus sesers nusipirko XVI a. medinę antikvarinę skulptūrą „Prisikėlęs Kristus“. Ją laikė savo bute Vilniuje, o vėliau išgabeno negavęs būtino Kultūros paveldo departamento leidimo.
Skulptūra buvo išgabenta į Kopenhagą, vėliau ji atsidūrė Gioteborge (Švedija) ir atiteko J. E. Petraičio iš anksto surastam pirkėjui, tos šalies piliečiui, stambiam prekiautojui persiškais kilimais.
Po kurio laiko „Prisikėlęs Kristus“ vėl grįžo į Daniją. Skulptūra, nurodžius legalų įsigijimo pagrindą, buvo pateikta vieniems didžiausių šioje šalyje veikiančių aukciono namų „Bruun Rasmussen“. Kone 500 metų senumo 83 cm aukščio medinę skulptūrą, anksčiau priklausiusią prieš 13 metų nužudytam kunigui R. Mikutavičiui, aukcione legaliai įsigijo Austrijos pilietis.
J. E. Petraitis taip pat kaltinamas pagaminęs netikrą didelės vertės vertybinį popierių – paprastąjį vekselį 1,8 mln. litų sumai – bei jį realizavęs.
Siekdamas įgyti teisę į svetimus pinigus, turėdamas savo verslo partnerio Danijos piliečio A. B. pasirašytų tuščių popieriaus lapų, verslo partneriui apie tai nenutuokiant, J. E. Petraitis ant vieno iš šių lapų pagamino netikrą paprastąjį vekselį. Nors puikiai žinojo, jog danas nėra jam įsiskolinęs. Pastarasis lietuvio verslininko prašymu, pasitikėdamas juo, pasirašė ant tuščių lapų. Ant vieno iš jų su A. B. parašu buvo atspausdintas tikrovės neatitinkantis paprastojo vekselio tekstas lietuvių ir anglų kalbomis.
J. E. Petraitis pasirašė šį vekselį kaip kreditorius, tuo patvirtindamas tikrovės neatitinkančius duomenis, bei pateikė jį pasirašyti jo tikslų nežinančiai žmonos seseriai. Šį netikrą vertybinį popierių 1,8 mln. sumai 2008-ųjų sausį verslininkas pateikė notarei vykdomajam įrašui gauti, o kitą dieną – antstolei išieškoti pagal vykdomąjį įrašą. Atlikus kratą J. E.Petraičio bute buvo rasta tuščių lapų su A. B. parašais.
Nė dėl vieno jam inkriminuoto nusikaltimo J. E. Petraitis kaltu neprisipažįsta.
J. E. Petraitis yra nesėkmingai kandidatavęs į Lietuvos prezidento postą. Jis nuo seno žinomas mūsų šalies teisėsaugininkams. 2005 metais Valstybės sienos apsaugos tarnybos pareigūnai, tyrę ikonų kontrabandos bylą, J. E. Petraitį buvo uždarę į areštinę, bet jo kaltės įrodyti nepavyko, jis byloje liko liudytoju. O 2009-iais buvęs kandidatas į prezidento postą buvo teisiamas už 17 litų vertės marškinių vagystę iš padevėtų drabužių parduotuvės „Humana“.