Juno taip pat praskrido tarp Jupiterio ir jo žiedų, padarė pirmąją žiedų nuotrauką iš vidaus, o zondo detektoriai nustatė, kad planetos pusiaujo plokštumoje yra pastebimai daugiau elektringų dalelių, net ir tose vietose, kurios nėra matomos kaip žiedai.
Rezultatų analizė verčia pergalvoti daugybę didžiųjų planetų struktūros modelių. Prie Jupiterio ašigalių matyti daugybė ciklonų sūkurių, kai kurių iš jų dydis yra beveik pusantro tūkstančio kilometrų.
Tuo tarpu kitos planetos-milžinės, Saturno, ašigaliuose dominuoja po vieną didžiulį sūkurį. Kodėl šios planetos taip skiriasi, neaišku. Taip pat nustatyta, kad atmosferiniai reiškiniai vyksta ir giliai Jupiterio atmosferoje, kur slėgis šimtą kartų viršija žemiškąjį; kokie tai tiksliai reiškiniai, pasakyti sunku, bet jie primena atmosferos regionų, vadinamų Hadlio celėmis, judėjimą Žemėje.
Sprendžiant iš duomenų apie planetos gravitacinį lauką, Jupiterio branduolys yra gerokai didesnis ir mažesnio tankio, nei buvo manoma iki šiol. Gali būti, kad branduolys ir virš jo esanti metalinio vandenilio zona yra sumišusios, branduolys tarsi ištirpęs aukštesniame sluoksnyje.
Jupiterio magnetinis laukas yra dvigubai stipresnis, nei prognozuoja modeliai, ir apie dešimt kartų stipresnis, nei Žemės. Ašigalines pašvaistes Jupiteryje sukelia elektronai, bet jie sąveikauja su kitokiomis molekulėmis ir atomais, nei Žemėje.
Dalį pašvaisčių greičiausiai sukuria iš palydovo Ijo ugnikalnių išsiveržusi plazma, pagauta Jupiterio magnetinio lauko ir krentanti į planetą.