Popiežius išreiškė didelę užuojautą dėl siaubo, kurį Antrojo pasaulinio karo metais patyrė Europos žydai.
"Atminimas gyvas", sakė jis. "Nėra žodžių, kuriais galima būtų išreikšti baisią Šoa tragediją", pridūrė jis, pavartodamas hebrajišką žodį, kuriuo žydai vadina Holokaustą. Popiežius sakė atėjęs pagerbti milijonų žuvusių žydų. Daugelis ceremonijoje dalyvavusių žmonių negalėjo sulaikyti ašarų.
Jonas Paulius neatsiprašė už Katalikų Bažnyčios ar jos vadovo karo metais Pijaus XII veiksmus. Daugelis izraeliečių galvoja, kad Pijus XII pro pirštus žiūrėjo, kaip Hitleris naikina žydus.
Iš Lenkijos kilęs Jonas Paulius II, per Antrąjį pasaulinį karą netekęs draugų ir kaimynų žydų, sakė: "Vyrai, moterys ir vaikai šaukiasi mūsų iš patirto siaubo gelmių. Kaip galėtume negirdėti jų verksmo? Niekas negali pamiršti ar ignoruoti to, kas įvyko. Niekas negali to menkinti".