Ministerijos 2008 m. apskaitoje auditoriai nustatė virtinę klaidų ir neatitikimų. Pažeisdama įstatymus ministerija neteisėtai finansavo valstybės įmones Žemės ūkio ir maisto produktų rinkos reguliavimo agentūrą, Žemės ūkio informacijos ir kaimo verslo centrą bei viešąją įstaigą Lietuvos žemės ūkio konsultavimo tarnybą.
Auditorių nuomone, Ministerija pažeidinėjo teisės aktus naudodama turtą. Pavyzdžiui, už 690 tūkst. Lt pirko parodos AgroBalt® prekės ženklą, logotipą ir interneto tinklalapį, kuriuos iš karto perdavė laikinai ir neatlygintinai naudotis Lietuvos žemės ūkio universitetui. Po parodos tinklalapis nebeveikia, prekės ženklas nebenaudojamas. Todėl auditoriai konstatavo, kad šios lėšos panaudotos neekonomiškai.
Ypač daug pažeidimų nustatyta Lietuvos valstybiniame žuvivaisos ir žuvininkystės tyrimų centre. Šioje ministerijai pavaldžioje įstaigoje gausu buhalterinės tvarkos pažeidimų, todėl informacija dėl galimai aplaidaus buhalterinės apskaitos tvarkymo perduota Generalinei prokuratūrai.
Centre netvarkoma jos filialuose auginamų žuvų apskaita, jos nekilnojamasis turtas neužregistruotas viešuosiuose registruose, valstybės biudžeto lėšos, skirtos ilgalaikiam materialiajam ir nematerialiajam turtui įsigyti, buvo naudojamos kitoms prekėms ir paslaugoms apmokėti. Pirkdamas paslaugą už beveik 25 tūkst. Lt iš kelionių organizavimo bendrovės Centras pažeidė net kelis įstatymus, nes netaikė viešojo pirkimo procedūrų, sumokėjo už ją be sutartinio pagrindo ir avansu, nors tuo pat metu turėjo įsiskolinimų.
Neekonomiškai, neracionaliai ir netaupiai buvo naudojamos mokymams skirtos lėšos. Ministerija ne tik finansavo pavaldžios įstaigos „Programos „Leader“ ir žemdirbių mokymo metodikos centras“ išlaikymą, bet ir pirko centro paslaugas, nors jų teikimas numatytas tos įstaigos nuostatuose. O centro direktorius darbuotojams pavedė teikti tas paslaugas pagal autorines sutartis, nors šių funkcijų vykdymas numatytas dalies darbuotojų pareigybių aprašymuose. Be to, gaudami autorinį atlyginimą, kai kurie centro, ministerijos ir jai pavaldžių įstaigų darbuotojai gavo ir darbo užmokestį, autorinių darbų atlikimo dienomis jiems buvo įformintos komandiruotės ir sumokėti dienpinigiai. Auditoriai konstatavo, kad tai neteisėta.
Valstybiniai auditoriai atkreipė dėmesį ir į mokymo programų recenzijas, kurios yra formalios ir abstrakčios, tačiau už jas buvo mokama iki 7 tūkst. Lt. Daugelis autorinių sutarčių sudarytos apklausus vienintelį tiekėją, nenurodžius tokio pasirinkimo priežasčių ir patvirtinus tiekėjo prašomą kainą. Nustatytas atvejis, kai centro direktorius patvirtino metodinės medžiagos pirkimo dokumentus iš tiekėjo, kuriuo buvo jis pats.
Valstybės kontrolieriaus pavaduotojas įpareigojo žemės ūkio ministrą pašalinti nurodytus teisės aktų pažeidimus, o juos padariusius asmenis traukti tarnybos ar drausminėn atsakomybėn.
