1994 metais prezidentas Billas Clintonas (Bilas Klintonas) pasiūlė kurti bendrą Rytų ir Centrinės Europos oro stebėjimo sistemą, o 1995 metais prie šio projekto buvo pakviestos prisijungti ir Baltijos valstybės.
Į regioninį centrą Karmėlavoje iš Lietuvos, Latvijos ir Estijos nacionalinių centrų perduodama informacija apie padėtį oro erdvėje ir kuriamas bendras viso Baltijos šalių regiono vaizdas.
Nacionalinių centrų kūrimui JAV skyrė 10 mln. JAV dolerių, o Lietuvos regioniniam - apie 4 mln. dolerių.
Sutartis dėl bendros oro erdvės stebėjimo sistemos kūrimo pasirašyta 1998 metų balandį.
BALTNET nėra vienintelis Lietuvos, Latvijos ir Estijos karinio bendradarbiavimo projektas. Jau įkurtas bendras taikdarių batalionas BALTBAT, mininių laivų eskadra BALTRON, steigiamas Baltijos šalių gynybos koledžas BALTDEFCOL.
